La definizione della personalità di Ermagora e lo sviluppo del suo culto, destinato ad avere grande importanza nell'Italia nordorientale, risale a quanto sembra al VII sec., quando, in seguito allo scisma detto dei Tre Capitoli, il patriarcato aquileiese rivendicò la propria autonomia dalla Chiesa di Roma.
Per assicurare una base storica e teologica a tale rivendicazione, la fondazione della sede episcopale di Aquileia venne attribuita all'evangelista Marco, che per ordine di 2' Pietro avrebbe portato il vangelo nella regione, consacrando come primo vescovo della città Ermagora, scelto dalla locale comunità cristiana.
Nell'elaborare ai fini della propria politica ecclesiastica questa leggenda, della quale non c'è traccia fino almeno alla metà del VI sec. e che appare ormai consolidata all'epoca di Paolo Diacono (fine VIII sec.), il patriarcato recuperava e reinterpretava un'altra tradizione, i cui contorni sono per noi oggi (e forse erano già allora) assai sfuggenti.
Il nome di Ermagora è infatti indicato al primo posto (a un'altezza cronologica stimabile intorno alla metà del III sec., un'epoca che potrebbe essere storicamente accettabile) nei cataloghi di patriarchi di Aquileia; ma l'attendibilità di tali documenti, anch'essi non anteriori all'epoca carolingia, è incerta. Più antico e significativo appare semmai un altro riferimento, quello fornito dal cosiddetto Martyrologium Hieronymianum, di area veneta, nel quale al nome del martire aquileiese Fortunato è associato quello di altri due martiri, chiamati Armagero (o Armigero; 12 luglio) ed Ermogene (22 o 23 agosto); entrambi questi nomi potrebbero essere corruttele di trasmissione o varianti grafiche della forma Ermagora.
Tuttavia, nelle due notizie del martirologio il santo principale è senza dubbio Fortunato, per il quale può dirsi provato un culto autonomo già in epoca tardoantica, e non si fa menzione di un'eventuale carica vescovile esercitata da Armigero / Ermogene; sicché l'esatta fisionomia di questo antico Ermagora e l'effettiva consistenza del suo culto in epoca precarolingia appaiono per il momento imprecisabili. È stato anche ipotizzato che il nome originario del santo fosse al contrario quello di Ermogene; in questo caso, alla base della vicenda potrebbe trovarsi una traslazione ad Aquileia delle reliquie del martire Ermogene, venerato in Pannonia, la cui figura sarebbe stata reinterpretata come quella di un santo locale e associata al periodo più antico del patriarcato.
Quale che sia l'origine e lo sviluppo della tradizione precedente, la leggenda relativamente più recente di Ermagora come discepolo di Marco e protovescovo di Aquileia è l'unica rintracciabile a partire dall'età carolingia, epoca a cui pare risalire la passio del santo (BHL 38383841), nota in più redazioni. Questo testo, che non ha consistenza storica e attinge il materiale narrativo dalla topica tradizionale dei racconti di martirio, presenta il santo come grande vescovo, pastore ed evangelizzatore; la sua morte è collocata durante la persecuzione di Nerone, in conformità con le esigenze di datazione derivate dalla leggenda marciana, e al suo martirio è associato quello del diacono Fortunato, ormai in posizione subordinata.
Nelle tradizioni posteriori l'attività apostolica di Ermagora si immaginò estesa ben oltre la regione aquileiese, e si ritenne avesse interessato tutta l'area soggetta al patriarcato, e dunque anche l'Istria, il Norico, la Pannonia e varie zone dell'Italia settentrionale. Il culto del santo divenne uno dei più caratteristici dell'area venetofriulana, e tipiche di questa zona sono anche le rappresentazioni iconografiche del santo: egli è raffigurato fra l'altro, talvolta insieme a Fortunato o ad altri martiri aquileiesi, nella basilica di San Marco a Venezia, nella basilica di Aquileia (dove si trova fra l'altro un ciclo con vari episodi della vita del santo) e nella cattedrale di Udine.
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